La primera noticia de l’existència de Sant Joan la tenim l’any 899, que s’esmenta l’existència d’una cel•la propera a Cardona. Era una comunitat monàstica petita. Sembla ser que aquestes terres foren donades pel comte Guifré el Pelós al monestir de Sant Joan de les Abadesses, del qual la seva filla era l’abadessa, per tal de que col•laboressin en la repoblació del territori.
L’11 de desembre de l’any 922, es consagrava l’església, i la comunitat agafava volada, estava formada per nou preveres, dos levites, un clergue i un sots diaca.
L’any 1017, el monestir de Sant Joan de les Abadesses passava a ser una comunitat canonical, i sembla ser que els membres de Sant Joan de Montdarn s’hi van traslladar. I a partir d’aquest any passà a ser una simple parròquia. El 1312 continuava sent parròquia.
A partir del segle XIV fou modificada, es va refer la volta i el mur de migdia, i es va allargar la nau. El segle XVI es va sobrealçar, i el XVII es va construir una petita cornisa i es va fer un retaule barroc.
L’església tal i com la coneixem avui és fruit d’una ampliació de l’any 1784.
Roc de Sant Joan